Durante 10 años los especímenes botánicos permanecieron almacenados, y desde 1987 estos especímenes fueron preparados y archivados, dando a las muestras el mantenimiento apropiado. En 1990, se creó el Proyecto PROMOBOT (Promoción Botánica) con fondos del Jardín Botánico de Missouri, lo que permitió el desarrollo institucional del Herbario QCNE. En 1992, el Herbario se trasladó del Parque La Carolina a su local permanente, instalaciones donadas por el Instituto Lingüístico de Verano al MECN, para llevar a cabo las actividades del Herbario Nacional. En 1994, se firmó un convenio entre el Museo Ecuatoriano de Ciencias Naturales y la Fundación Jatun Sacha, permitiendo a la Fundación colaborar en la Administración del Herbario Nacional hasta la fecha (1997).
A partir de 1990, el Herbario logró un incremento significativo de su colección de 10.000 a 100.000 (Oct. 1995) especímenes botánicos, constituyéndose así en el centro más importante de Ecuador para el estudio de Flora Ecuatoriana.